LEDと普通の照明器具では基本的にLEDの方が消費電力が小さいですが、値段が高いですよね。
というわけで、1日あたりの使用時間の長いものほどLED照明器具にした方が省エネになりランニングコストは小さくなります。
トイレとか洗面所などは使用時間が短いので元を取るのは大変かと思います。
時代の流れですので、新築ということを含めて、全てLEDという選択はよいかと思います。
それと40000時間というのはおおよそのLED単体の最低寿命ですから、場合によってはもっと持つこともありますし持たないこともあります。